| あおい産婦人科 | 0977-25-0888 | 石垣東8丁目2番31号 | 産科・婦人科・内科 | 石垣 |
| 明石Mクリニック | 0977-76-5270 | 御幸9組 | 呼吸器内科・内科 | 朝日 |
| 安部第一医院 | 0977-23-3345 | 上野口町3-40 | 内科・循環器科・神経内科 | 境川 |
| あべ消化器・内科クリニック | 0977-27-5055 | 新別府４組 | 内科・消化器科 | 朝日 |
| 朝見病院 | 0977-22-0036 | 朝見１丁目23-28 | 精神科・心療内科・内科 | 浜脇 |
| 阿部玉晨堂診療所 | 0977-22-1568 | 山の手町5-32 | 整形外科 | 青山 |
| 安倍内科医院 | 0977-66-6780 | 火売8-1 | 内科・リハビリテーション科・循環器科 | 朝日 |
| 青山整形外科クリニック | 0977-25-3611 | 山の手町17組の1 | 内科・外科・整形外科・リハビリテーション科 | 青山 |
| アロハクリニック | 0977-26-2366 | 鶴見１組１ | 内科・皮膚科・アレルギー科 | 大平山 |
| いとう循環器・麻酔科クリニック | 0977-24-1002 | 石垣西７丁目２１４７－１ | 麻酔科・内科・呼吸器科・循環器科・外科・リハビリテーション科 | 石垣 |
| 石垣病院 | 0977-66-7557 | 実相寺1-4 | 呼吸器科・循環器科・アレルギー科・消化器科・外科・内視鏡外科・麻酔科 | 朝日 |
| 石川胃腸科医院 | 0977-21-5959 | 東荘園町５丁目１組 | 胃腸科・内科・外科・肛門科 | 緑丘 |
| 諌山整形外科医院 | 0977-23-1380 | 南荘園町20組 | 整形外科・リハビリテーション科・リウマチ科 | 南立石 |
| 内田病院 | 0977-21-1341 | 末広町3-1 | 内科・呼吸器内科・消化器内科・循環器内科・内視鏡内科・糖尿病内科・血液内科・放射線診断科・外科・整形外科・リハビリテーション科・皮膚科・アレルギー科 | 浜脇 |
| うちくら内科 | 0977-21-5750 | 馬場町１組 | 内科・胃腸科・呼吸器科・循環器科 | 朝日 |
| 衛藤小児科医院 | 0977-85-7881 | 荘園１組－３ | 小児科・心臓小児科 | 境川 |
| 大分先端画像診断センター | 0977-66-4116 | 上人ヶ浜９組 | 放射線科 | 上人 |
| 岡嶋医院 | 0977-22-0774 | 元町16-9 | 外科・内科・リハビリテーション科 | 別府中央 |
| 岡田眼科医院 | 0977-25-1010 | 楠町１－３２ | 眼科 | 浜脇 |
| おおさわクリニック | 0977-27-0030 | 富士見町1-7 | 内科・外科・胃腸科・リハビリテーション科・肛門科 | 別府中央 |
| 甲斐医院 | 0977-22-0986 | 野口元町８−１０ | 内科・呼吸器科 | 別府中央 |
| 垣迫内科医院 | 0977-23-8131 | 松原町6-12 | 内科・リハビリテーション科・神経内科 | 浜脇 |
| 金子内科医院 | 0977-25-5755 | 石垣東１丁目7-27 | 内科・小児科・リハビリテーション科 | 石垣 |
| 亀川精神保健クリニック | 0977-27-7500 | 亀川浜田町３組 | 精神科 | 亀川 |
| かめがわ耳鼻咽喉科 | 0977-27-8733 | 別府市亀川四ノ湯町９番１号 | 耳鼻科・アレルギー科 | 上人 |
| かめがわ皮膚科 | 0977-67-4871 | 別府市亀川四ノ湯町５番１７号 | 皮膚科 | 上人 |
| 木下医院 | 0977-24-1849 | 上田の湯町1-7 | 外科・内科・眼科・リハビリテーション科 | 青山 |
| 北崎医院 | 0977-22-8171 | 青山町7-65 | 呼吸器科・内科・胃腸科・循環器科 | 青山 |
| 清瀬病院 | 0977-25-1555 | 野口中町4-8 | 心臓血管外科・脳神経外科・人工透析内科・消化器外科・循環器内科・外科・内科・肛門外科 | 別府中央 |
| 北浜眼科クリニック | 0977-22-5560 | 北浜１丁目13-11 | 眼科 | 別府駅前 |
| 久保田クリニック | 0977-25-6363 | 石垣東１０丁目４番１７号 | 内科・外科・リハビリ科・胃腸内科・肛門科・循環器内科・血管外科 | 石垣 |
| 久保おなか・おしりクリニック | 0977-23-2211 | 石垣東３丁目５番１５号 | 消化器外科・消化器内科・肛門外科・肛門内科・胃腸外科・胃腸内科・外科・内科 | 石垣 |
| くらた医院 | 0977-27-3227 | 別府市堀田4-2 | 皮膚科・形成外科・美容外科・美容皮膚科 | 南立石 |
| 黒木記念病院 | 0977-67-1211 | 照波園町14-28 | 整形外科・内科・消化器科・呼吸器内科・外科・放射線科・麻酔科・リハビリテーション科・リウマチ科・循環器科・皮膚科・摂食嚥下外来 | 上人 |
| 釘宮整形外科リハビリクリニック | 0977-27-8838 | 鶴見９－４ | 整形外科・リハビリテーション科 | 緑丘 |
| 児玉内科医院 | 0977-23-0777 | 北浜３丁目3-12 | 内科・胃腸科・循環器科 | 別府中央 |
| 児玉病院 | 0977-67-1611 | 亀川四の湯町5-19 | 内科・循環器内科・消化器内科・呼吸器内科・心療内科・リウマチ科・リハビリテーション科 | 上人 |
| 河野小児科医院 | 0977-22-4429 | 石垣西７丁目8-10 | 小児科 | 石垣 |
| 児玉耳鼻咽喉科クリニック | 0977-25-8152 | 北浜２丁目5-14 | 耳鼻科・気管食道科・麻酔科 | 別府中央 |
| 古城小児科医院 | 0977-67-5566 | 上人仲町4-22 | 小児科 | 上人 |
| 古城循環器クリニック | 0977-25-3811 | 石垣東６丁目3-24 | 循環器科・内科 | 石垣 |
| こだま脳神経外科クリニック | 0977-22-0272 | 石垣東８丁目２－３５ | 脳神経外科・神経内科・リハビリテーション科 | 石垣 |
| 佐藤整形外科医院 | 0977-25-0022 | 中央町8-20 | 整形外科・リハビリテーション科 | 別府中央 |
| さとう皮膚科 | 0977-23-3033 | 田の湯町15-4 | 皮膚科 | 別府中央 |
| さかい内科医院 | 0977-25-0552 | 大畑６組 | 内科・消化器科 | 大平山 |
| しまざき耳鼻咽喉科 | 0977-75-8733 | 大畑２－２ | 耳鼻科・アレルギー科 | 大平山 |
| 新森内科クリニック | 0977-25-5261 | 石垣東５丁目1-25 | 内科 | 石垣 |
| 耳鼻咽喉科しげみ医院 | 0977-27-3387 | 東荘園町2丁目-1 | 耳鼻科・気管食道科・アレルギー科 | 境川 |
| しもやま内科・循環器内科クリニック | 0977-24-0101 | 南荘園町19組 | 内科・循環器内科 | 南立石 |
| しん整形外科 リハビリテーション ＆スポーツクリニック | 0977-23-4976 | 東荘園町2丁目-1 | 整形外科・リウマチ科・リハビリテーション科 | 境川 |
| 末宗内科医院 | 0977-22-1824 | 上田の湯町13-3 | 内科・リハビリテーション科 | 青山 |
| 荘園内科クリニック | 0977-27-3800 | 東荘園町４丁目2 | 内科・消化器内科 | 緑丘 |
| 高橋内科医院 | 0977-21-3151 | 朝見１丁目2-17 | 内科 | 浜脇 |
| 武井医院 | 0977-24-3411 | 幸町11-20 | 泌尿器科・内科・外科 | 境川 |
| 高木眼科医院 | 0977-23-1230 | 駅前町5-5 | 眼科 | 別府中央 |
| たにぐち糖尿病内科クリニック | 0977-21-7373 | 東荘園町１丁目１－１ ﾘﾊﾞｰｻｲﾄﾞﾊｲﾂ荘園１Ｆ | 糖尿病内科・内科 | 境川 |
| たなか乳腺・外科・内科クリニック | 0977-25-5200 | 中央町８－３０ | 乳腺科・内科・外科 | 別府中央 |
| 千馬内科医院 | 0977-21-0715 | 楠町2-17 | 内科 | 浜脇 |
| つねとみ内科胃腸科クリニック | 0977-67-3600 | 中須賀本町３組 | 内科・胃腸科 | 春木川 |
| 鶴見台病院 | 0977-22-0336 | 鶴見4075-4 | 精神科・神経科 | 南立石 |
| 局医院 | 0977-21-1947 | 南荘園町12組 | 内科 | 南立石 |
| 中村病院 | 0977-23-3121 | 秋葉町8-24 | 整形外科・泌尿器科・外科・消化器外科・肛門外科・内科・呼吸器内科・消化器内科・循環器内科・血液内科・形成外科・皮膚科・リハビリテーション科・禁煙外来 | 浜脇 |
| 中村たかクリニック | 0977-26-2220 | 新港町1-30 | 内科・乳腺科・消化器科・循環器科 | 石垣 |
| 中山レディースクリニック | 0977-73-8800 | 石垣西４丁目１-２９ | 内科・婦人科 | 石垣 |
| 鳴海クリニック | 0977-23-5841 | 楠町14-8 | 消化器科・内科・外科・皮膚科 | 浜脇 |
| なごみ診療所 | 0977-22-1580 | 山の手町9-39 | 内科・呼吸器科・精神科・神経科・脳血管科 | 青山 |
| にしむら皮膚科医院別府診療所 | 0977-24-5800 | 石垣東８丁目5-21 | 皮膚科・アレルギー科 | 石垣 |
| 野口病院 | 0977-21-2151 | 青山町7-52 | 内分泌外科・耳鼻科・内科 | 別府中央 |
| 畑病院 | 0977-21-1371 | 中島町14-22 | 内科・循環器科・リハビリテーション科・整形外科・外科・皮膚科 | 青山 |
| 馬場医院 | 0977-23-2833 | 南立石二区6 | 外科・内科 | 南立石 |
| 浜脇記念病院 | 0977-22-2228 | 浜脇1丁目6-21 | 循環器科・内科・リハビリテーション科・皮膚科 | 浜脇 |
| 原嶋内科医院 | 0977-23-5261 | 荘園町6-4 | 内科・小児科 | 鶴見 |
| 皮フ科 河野クリニック | 0977-85-8687 | 荘園1-1 | 皮膚科 | 鶴見 |
| 平井整形外科医院 | 0977-24-1511 | 田の湯町9-16 | 整形外科・リウマチ科・リハビリテーション科 | 青山 |
| ヒロセ内科医院 | 0977-21-3030 | 駅前本町5-23 | 内科・リウマチ科 | 別府中央 |
| 飛田内科外科クリニック | 0977-27-2000 | 扇山町9組-3 | 内科・外科・胃腸科・麻酔科 | 鶴見 |
| 藤吉乳腺クリニック | 0977-75-6029 | 東荘園４－２ | 乳腺科・外科 | 緑丘 |
| 福田内科医院 | 0977-25-2250 | 石垣東3-4-12 | 内科・糖尿病内科・消化器内科・胃腸内科・肝臓内科 | 石垣 |
| 別府温泉病院 | 0977-67-1131 | 野田22-1 | 整形外科・リハビリテーション科・内科・循環器科 | 亀川 |
| べっぷ在宅・訪問クリニック | 0977-76-5901 | 荘園9-1 | 内科 | 鶴見 |
| 別府中央病院 | 0977-24-0001 | 北的ヶ浜町5-19 | 内科・外科・脳神経外科・循環器科・腎臓内科・整形外科 | 別府中央 |
| 別府駅前クリニック | 0977-25-3030 | 北浜１丁目3-12-3Ｆ | 内科・外科・美容皮膚科 | 別府中央 |
| 別府トキハクリニック | 0977-75-8878 | 北浜２丁目９番１号 | 内科・外科・リハビリテーション科・胃腸内科・肛門科・循環器内科・血液外科 | 別府中央 |
| 別府湾腎泌尿器病院 | 0977-66-4111 | 上人ヶ浜町９組 | 泌尿器科・内科・婦人科 | 上人 |
| 堀循環器科内科クリニック | 0977-27-6786 | 亀川浜田町2-63 ｱﾙｳｨﾝ・ｺｰﾄ亀川1F | 循環器科・内科・呼吸器科 | 亀川 |
| 松本小児科医院 | 0977-23-5215 | 北浜2丁目5-5 | 小児科・内科 | 別府中央 |
| 松井小児科医院 | 0977-24-1911 | 大畑1組2 | 内科・小児科・アレルギー科 | 大平山 |
| 牧野リウマチ整形外科クリニック | 0977-25-2121 | 船小路町2-36 | 整形外科・リハビリテーション科・リウマチ科 | 石垣 |
| ミヨシ医院 | 0977-25-2727 | 石垣西２丁目3-30 | 泌尿器科・皮膚科・内科 | 境川 |
| 右田眼科 | 0977-21-9111 | 石垣西７丁目8-19 | 眼科 | 石垣 |
| みなとクリニック | 0977-22-2270 | 船小路町１０２－１ | 眼科 | 石垣 |
| みなみメンタルクリニック | 0977-22-0373 | 鶴見町３組 | 心療内科・精神科・神経科 | 鶴見 |
| 宮崎クリニック | 0977-66-0022 | 亀川東町27-37 | 呼吸器科・内科・外科・リハビリテーション科 | 亀川 |
| 村橋病院 | 0977-23-3231 | 千代町２番５号 | 内科・消化器科・リハビリテーション科・循環器科 | 別府中央 |
| 向井病院 | 0977-23-0241 | 南立石232 | 精神科・神経科・内科 | 南立石 |
| 村上脳神経内科クリニック | 0977-26-1717 | 山の手町14-30 | 神経内科・内科・リハビリテーション科 | 青山 |
| 餅ヶ浜医院 | 0977-23-5365 | 餅ヶ浜町5-39 | 外科・胃腸科・内科 | 石垣 |
| 山本病院 | 0977-22-0131 | 光町14-3 | 内科・精神科・神経科 | 青山 |
| 矢田こどもクリニック | 0977-22-9557 | 石垣東４丁目5-4 | 小児科 | 石垣 |
| 別府駅ゆのまち内科・胃と腸クリニック | 0977-76-8500 | 別府市駅前町１２−１３ | 内科・消化器科 | 別府中央 |
| 吉武内科医院 | 0977-21-5755 | 扇山町８組 | 循環器科・内科 | 鶴見 |
| 横井内科クリニック | 0977-26-6111 | 鶴見園町５組 | 内科 | 南立石 |
| 吉賀循環器内科 | 0977-66-0115 | 鉄輪163 | 循環器科・内科 | 朝日 |
| 渡部内科循環器科クリニック | 0977-23-5800 | 末広町6-31 | 内科・循環器科・呼吸器科 | 浜脇 |
| 渡邉医院 | 0977-23-0564 | 光町4-11 | 内科・呼吸器内科・循環器内科・消化器内科 | 青山 |
| 九州大学病院別府病院 | 0977-27-1600 | 鶴見原4546 | ※医療機関へ直接ご確認ください。 | 南立石 |
| 独立行政法人国立病院機構別府医療センター | 0977-67-1111 | 大字内竈1473番地 | ※医療機関へ直接ご確認ください。 | 亀川 |
| 独立行政法人国立病院機構西別府病院 | 0977-24-1221 | 鶴見4548 | ※医療機関へ直接ご確認ください。 | 鶴見 |
| 大分県厚生連鶴見病院 | 0977-23-7111 | 鶴見4333 | ※医療機関へ直接ご確認ください。 | 緑丘 |
| 国家公務員共済組合連合会新別府病院 | 0977-22-0391 | 鶴見3898 | ※医療機関へ直接ご確認ください。 | 緑丘 |
| 農協共済別府リハビリテーションセンター | 0977-67-1711 | 鶴見字中山田1026-1 | 整形外科・内科・外科・リハビリテーション科 | 朝日 |
| 社会福祉法人別府発達医療センター | 0977-22-4185 | 鶴見4075-1 | 整形外科・小児科・耳鼻咽喉科・リハビリテーション科・麻酔科 | 南立石 |
| 国立別府重度障害者センター（指定障害者支援施設） | 0977-21-0181 | 南荘園２組 | ※医療機関へ直接ご確認ください。 | 南立石 |
| サンヘルスピア一燈園（老人保健施設） | 0977-22-6978 | 南立石字平畑 | ※一般の方の保険診療は行っていません | 南立石 |
| 大分県東部保健所 | 0977-67-2511 | 鶴見字下田井14-1 | ※保険診療は行っていません | 朝日 |
| 大分総合健診センター | 0977-66-4111 | 上人ヶ浜町９組 | ※健診のみ | 上人 |
| 大分県厚生連健康管理センター | 0977-23-7112 | 鶴見4333 | ※健診のみ | 緑丘 |
| 別府市医師会地域保健センター | 0977-23-2279 | 西野口１５－３３ | ※健診のみ | 青山 |
| 夜間こども診療（別府市医師会地域保健センター） | 0977-26-4000 | 西野口１５－３３ | 小児科 | 青山 |
